Gioan Đỗ Văn Ngân sinh ngày 7 tháng 6 năm 1953 tại Ninh Bình (nay thuộc phường Thanh Bình, thành phố Ninh Bình, tỉnh Ninh Bình thuộc Giáo phận Phát Diệm).[6][7] Mẹ là bà Tạ Thị Ngọt[lower-alpha 1] sinh năm 1930, là giáo dân giáo xứ Kim Thượng, hạt Gia Kiệm, thuộc Giáo phận Xuân Lộc.[10][11] Theo Đỗ Văn Ngân, cha qua đời khi ông mới ba tháng tuổi nên ông chưa bao giờ được thấy mặt thân phụ của mình. Mẹ ông kể từ thời điểm này đã duy trì đời sống đơn thân.[1] Ông có một người anh tên Đỗ Văn Phát, sinh năm 1950. Sau cuộc di cư năm 1954, gia đình cậu bé Ngân đến định cư tại Gia Kiệm, Đồng Nai.[9]

Lên 10 tuổi, cậu dự thi vào Tiểu chủng viện Thánh Giuse Sài Gòn nhưng một năm sau đó, Đỗ Văn Ngân mới được tuyển.[9] Cậu đã theo học tại đây trong giai đoạn từ năm 1965 đến năm 1973.[7] Trong thời gian này, mẹ cậu thường bắt xe đi một quãng đường hơn 70 km từ Đồng Nai đến Sài Gòn một tuần hai lần để thăm con; hành trang bà mang theo là đồ ăn và trái cây sau vườn nhà.[9] Từ năm 1973, chủng sinh Đỗ Văn Ngân theo học các khóa học triết học và thần học[12] tại Giáo hoàng Học viện Thánh Piô X Đà Lạt cho đến năm 1977 khi học viện bị giải tán. Ông là bạn học cùng lớp với nguyên Giám mục phụ tá Giáo phận Xuân Lộc Tôma Aquinô Vũ Đình Hiệu–nay là giám mục chính tòa Giáo phận Bùi Chu, Giám mục Giáo phận Kon Tum Aloisiô Nguyễn Hùng Vị và Giám mục Giáo phận Đà Lạt Đa Minh Nguyễn Văn Mạnh tại Giáo hoàng Học viện Thánh Piô X từ năm 1973 đến năm 1977.[7][11]